Imunski sistem v črevesni sluznici se mora, predvsem v prvih letih življenja, intenzivno razvijati in »učiti«. Imunski sistem v črevesni sluznici se mora »naučiti« razločevati, kaj so neškodljive bakterije in hrana, in kaj so bolezenske bakterije. Proti neškodljivim bakterijam in hrani se mora imunski sistem odzvati s tolerančno reakcijo – to pomeni, da hrane in neškodljivih bakterij ne sme napadati. Ob imunskem napadu se sluznica vname. Če bi imunski sistem napadal sestavine v hrani in neškodljive črevesne bakterije, bi bila črevesna sluznica neprestano vneta in ne bi opravljala svoje funkcije. Vendar pa imunski sistem v črevesni sluznici mora razpoznati bolezenske mikrobe in jih ustrezno napadati, drugače bi bolezenski mikrobi vdrli v črevesno sluznico in naprej v kri. Imunske »izvidniške« celice v krvi take snovi zaznajo kot tujke, zato se sprožijo različni obrambni mehanizmi.

V prvih letih življenja je za razvoj imunskega sistema pomembno, da črevesno sluznico zasedajo neškodljive bakterije črevesne flore. Le-te ne vsebujejo strupov ali drugih izločkov, s katerimi bi poškodovali črevesno sluznico. Kadar črevesna sluznica ni poškodovana, prihaja imunski sistem v stik s črevesno vsebino samo preko posebnih epitelijskih celic (celice M). Celice M majhne dele črevesne vsebine prenesejo v posebna gnezda imunskih celic. V teh gnezdih imunske celice za dele črevesne vsebine razvijejo, za človeški organizem, neškodljivo tolerančno reakcijo, ki nas ščiti pred črevesnim vnetjem. Če so v črevesju bolezenske bakterije, le-te s svojimi izločki poškodujejo črevesno sluznico. Zaradi nastalih poškodb lahko bolezenske bakterije napredujejo naprej v tkiva. Tam naletijo na imunske celice, ki odzovejo z močno obrambno reakcijo. Hkrati z bolezenskimi bakterijami skozi poškodovano sluznico vdirajo tudi delčki hrane. Imunski sistem se z močno obrambno reakcijo odzove tudi proti hrani, ker sproži črevesno vnetje. Če se hrana, zaradi prisotnosti bolezenskih bakterij, sreča z imunskim sistemom po napačni poti (tj. skozi poškodovano sluznico, namesto preko celic M), potem se tudi proti hrani razvije obrambna imunska reakcija.

Ker si imunski sistem svoje reakcije zapomni, se pri vnosu enake hrane črevo tudi v bodoče odzove z močno obrambno reakcijo. To se kaže kot vnetje in prebavne težave, nastanek kožnih izpuščajev in drugih bolezenskih pojavov, ki jih poznamo kot prehransko alergijo.

Za preprečevanje prehranskih alergij je pomembno, da otrokova črevesna sluznica čim manjkrat zboli zaradi okužbe z bolezenskimi mikrobi.