Medtem ko je večina raziskav potrdila povečano tveganje smrti pri bolnikih s celiakijo, so dolgoročne posledice nespecifičnega vnetja sluznice tankega črevesa brez usihanja (atrofije) črevesnih resic manj znane. Švedski znanstveniki so pri pregledu histoloških vzorcev, odvzetih v obdobju 1969 in 2008, preučevali splošno tveganje za smrt pri posameznikih s celiakijo 3. stopnje po Marshu, vnetjem tankega črevesa (1. in 2. stopnja po Marshu) in latentno celiakijo. Ugotovili so, da je bilo tveganje za smrt povečano v vseh treh skupinah, daleč najbolj (kar za 72 odstotkov) je bilo zvišano pri bolnikih z vnetjem. Tveganje se je zniževalo s starostjo, pri kateri je bila odkrita bolezen. Najvišje je bilo pri osebah, pri katerih so bolezen odkrili pred 20. letom starosti. Najpogostejša vzroka smrti bolnikov z boleznijo tankega črevesa so srčno-žilni zapleti in rakave spremembe.